RequireJSをちゃんと調べたらbrowserify以上に自分の目的に近かった。UglifyJSでのコード短縮なんかも処理してくれるし。assets埋め込みなどの処理を挿し込むのはちょっと無理っぽいので、そこは泥臭くやる必要がありそうだ。
JS/CSSを無理にHTMLに埋め込むよりは、こうしたツールを使ってHTML/JS/CSSをそれぞれ1ファイルにまとめておくのが最適解かもしれない。通信回数は多いがレンダリングスピードというかユーザーにとっての見た目はいいだろうし。その辺はやっぱり一度検証してみないとダメだな。
追記
enchant.js向けのHowToをまとめた記事を書きました。よろしければぜひ。
泥臭くやらなきゃと思っていた処理差し込みはRequireJSのプラグインとして実装できるかもしれませんが、まだ確かめていません。